Indonesia memiliki segmen sekolah swasta yang unik dan berkontribusi sekitar 35% dari total jumlah sekolah di Indonesia. Segmen ini terdiri atas Madrasah dan Pondok Pesantren yang berada di bawah Kementerian Agama (Kemenag) Republik Indonesia, sedangkan sekolah negeri berada di bawah naungan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud) Republik Indonesia. Terdapat juga
sub-segmen yang lebih kecil dan mulai tumbuh, yaitu sekolah swasta internasional yang mana saat ini hanya ditemukan di wilayah perkotaan Pulau Jawa. Madrasah dan Pesantren adalah sekolah swasta yang sudah ada sejak lama. Keduanya memiliki akar sejarah dan budaya, dan tersebar luas di seluruh wilayah Indonesia. Selaras dengan pengakuan akan adanya asosiasi historis dari lembaga pendidikan berbasis masyarakat seperti Madrasah dan Pesantren, Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional (UU Nomor 20 Tahun 2003) di Indonesia menyatakan bahwa masyarakat memiliki hak untuk memberikan pendidikan, yang selaras dengan norma sosial dan budaya masyarakat.

Secara kolektif, Madrasah dan Pesantren swasta berkontribusi sekitar 18% dari total pendaftaran siswa di tingkat Sekolah Dasar. Pesantren sendiri memiliki bagian sekitar 7% dari total pendaftaran siswa di sekolah swasta. Badan Penelitian dan Pengembangan yang merupakan bagian dari Kemendikbud, mengamati bahwa selain porsi pendaftaran yang cukup besar, Madrasah dan Pondok Pesantren juga berkontribusi untuk memenuhi target Indeks Pembangunan Manusia PBB dan Standar Pelayanan Minimal (SPM) kabupaten.